En la subcuenca del Río Pilón coinciden dos provincias fisiográficas; Llanura Costera y Sierra Madre, por ello posee variaciones topográficas y climáticas que permiten el desarrollo de doce tipos de vegetación (incluso endemismos). Esta capta agua, sustenta a los habitantes y alberga una variada fauna. Sin embargo, los procesos relacionados con la creciente población y expansión de la agricultura, están causando su desaparición y fragmentación. Durante 1974 - 2000 en la Llanura Costera el chaparral perdió 86%, el mezquital 73% y el matorral submontano 32%, y en la Sierra Madre, el matorral submontano perdió 73%, el bosque de encino 43% y el bosque de oyamel 35%. Por otra parte, hay un marcado proceso de fragmentación que afecta principalmente a los bosques de oyamel y de pino-encino y al matorral submontano. Para evitar que estos procesos afecten la captación de agua y la producción agrícola, se diseñó una estrategia para el manejo adecuado los recursos naturales de la subcuenca, conciliando las necesidades de producción con aquellas de conservación. Esta identificó tres líneas de acciones principales: conservación de fragmentos, implementación de labranza de conservación y restauración. También señala los sitios óptimos para las actividades recomendables mediante análisis espacial en un entorno de Sistemas de Información Geográfica utilizando el método de ordenamiento de cuencas.