Para el complejo Phrynosoma orbiculare se han descrito seis subespecies que se distribuyen desde el norte del país, hasta el sureste de la planicie Mexicana, desde su descripción, el estado taxonómico de las subespecies de P. orbiculare presentan una serie de discordancias. Por lo que el objetivo del presente estudio fue evaluar la variación morfológica de las subespecies descritas, utilizando análisis de morfometría lineal y geométrica combinados con análisis de componentes principales y de correlación canónica. Los análisis con morfometría lineal no muestran una clara definición, sin embargo con la morfometría geométrica, mediante el análisis de variación canónica se obtuvieron diferencias significativas para tres subespecies, P. o orientale, P. o. durangoensis y P. o. boucardi. La gradilla de deformación muestra que la variación se encuentra principalmente hacia la región de la punta del hocico y de la corona. P. o. orientale se distribuye en la Sierra Madre Oriental y P. o. durangoensis en la Sierra Madre Occidental ambas se encuentran aisladas por la Meseta Central y su aislamiento data desde la vicarianza del Neogeno, por lo que si estas subespecies se encuentran aisladas pueden ser consideradas como entidades diferentes ya que no hay flujo génico entre ellas.