Se examinan los conceptos de parsimonia, verosimilitud y probabilidad posterior, los cuales son centrales a los métodos alternativos para la selección de topologías óptimas en la reconstrucción filogenética. La tendencia a la complejidad y sofisticación matemática de la descripción del espacio de los árboles y de los métodos de exploración basados en parsimonia y en probabilidades (máxima verosimilitud y Bayesianas) señala que los requerimientos educativos demandarán una base ineludible de conocimientos en filosofía de la ciencia, teoría y métodos estadísticos y biología molecular. Esta educación será necesaria para poder entender la operación de los diversos métodos disponibles, pero sobre todo, para poder visualizar sus bases teóricas y decidir críticamente cual de las opciones usar en las distintas fases de la investigación taxonómica. La importancia de la necesidad de tal uso informado de métodos se revela en la tendencia a usar los métodos de parsimonia y probabilísticos (máxima verosimilitud y métodos Bayesianos) sin explorar las implicaciones epistemológicas de tales enfoques en la reconstrucción filogenética. Indudablemente, el interés en los métodos de reconstrucción filogenética esta en expansión; por lo tanto, es importante que los biólogos filogenéticos consideren cuidadosamente las bases epistemológicas y la relevancia de los métodos que usan en la selección de topologías óptimas.