El embalse José Antonio Alzate es el primero sobre el curso del río Lerma y acumula los sedimentos erosionados de la cuenca del Curso Alto del río Lerma (CARL), un área densamente urbanizada. Desde el punto de vista hidráulico, dicho embalse cumple la función de control de avenidas y surte de agua a distritos de riego. La realización reciente de un estudio batimétrico del mismo permitió definir el perfil actual de fondo del terreno. Estos niveles se compararon con los originales (antes de su construcción en 1959) efectuando una estimación del volumen de azolve acumulado. Igualmente se llevó a cabo un muestreo de sedimentos de fondo para su posterior análisis por fluorescencia de rayos X con el fin de determinar su posible contaminación por metales pesados. En este artículo se discuten las implicaciones de la pérdida de capacidad de almacenamiento del embalse (cerca del 50%) y de la contaminación de sus sedimentos determinando los riesgos ambientales asociados por su remoción. Teniendo en cuenta los bajos índices de contaminación por metales pesados, los cuales no sobrepasaron los criterios internacionales para uso de sedimentos en agricultura, y del volumen a dragar inferior a los 65 000 m3, se concluyó que es recomendable dragar la zona aledaña a la obra de toma para seguridad en la operación de esa estructura que es indispensable para cumplir con las funciones del embalse.