Se estudió la variación patogénica y molecular de 16 aislamientos de Puccinia horiana colectados en los Estados de México, Morelos y Puebla. Con los aislamientos se inocularon cinco variedades de crisantemo (Dendranthema grandiflara Tzveler.) ('Indianápolis', 'Harman', 'Eleonora', 'Vikyngo' y 'Marble'). Los aislamientos del Estado de México fueron más virulentos que los de Morelos y Puebla, cuyo periodo de incubación en 'Indianápolis' fue de 15 d en promedio, mientras que los aislamientos de Morelos y Puebla requirieron 3 y 4 d más. Para los aislamientos del Edo. de México la máxima incidencia en 'Indianápolis' se registró 4 d después de aparecer los primeros síntomas, mientras que los provenientes de Morelos y Puebla requirieron 5 y 6 d más. Del grupo del Edo. de México se capturaron 539 a 977 basidiosporas en 0.25 cm2, mientras que del grupo de Morelos y Puebla se atraparon 76 y 42 basidiosporas. En los aislamientos del Edo. de México la severidad varió de 23 a 36 %, mientras que en los provenientes de Morelos y Puebla fue de 5.7 a 8.5 % y de 4.2 a 7.3 %. Con los análisis de polimorfismo del ADN mediante RAPD, MP-PCR y RAMP, se identificaron tres grandes grupos (a, b y c) que correspondieron exactamente con el origen geográfico de los aislamientos.