Se determinaron aspectos sobre el hábitat, uso y función de los recursos vegetales utilizados en la medicina tradicional, en la comunidad de San Nicolás, municipio de Malinalco, ubicada al sur del Estado de México. De enero de 2010 a enero de 2011 se aplicaron entrevistas a 30 hombres y mujeres, de entre 20 y 60 años de edad. La observación directa y participativa permitió verificar la función y manejo de las plantas. Se registraron 165 especies correspondientes a 147 géneros y 70 familias de plantas vasculares. Las especies utilizadas en la medicina tradicional se agruparon en 13 clases o categorías de acuerdo con el tipo de enfermedad en que se utilizan. Las categorías de plantas medicinales que mostraron las mayores frecuencias de utilización se relacionan con el tratamiento de enfermedades del aparato digestivo, aparato respiratorio, enfermedades asociadas con la nutrición y sistema endócrino, además de las referidas como síndromes de filiación cultural. Las plantas medicinales se presentaron en dos diferentes hábitat; 45.4% son especies pertenecientes a la flora viaria y el 54.5% prosperan en agroecosistemas familiares, llamados localmente huertos o solares. Aproximadamente un tercio de las especies eran cultivadas y el resto silvestres. Tres cuartos de las especies presentan una distribución natural en América, y las demás han sido introducidas de ultramar. Los datos muestran que el mayor número de especies utilizadas para fines medicinales se encuentran en los huertos. Esto implica nuevos retos debido a que los huertos familiares tradicionales están siendo utilizados para fines diversos, como la construcción de viviendas o establecimientos comerciales, ocasionando pérdida de germoplasma insitu y en consecuencia pérdida de la biodiversidad en este territorio del subtrópico mexicano.