Se analizó el comportamiento temporal (1998-2013) de las tasas de mortalidad fetal e infantil de anencefalia (q00) y espina bífida (q05), cuya etiología puede derivar de la exposición a los plaguicidas. Se compararon los municipios del corredor florícola del Estado de México de mayor actividad agrícola con aquellos de menor actividad, a través del uso de medidas de asociación, bajo un estudio de tipo ecológico retrospectivo. Los resultados indican una posible asociación con un riesgo de defunciones fetales por anencefalia más alto en las zonas expuestas (or 3.4; ic 95% 2.72-4.27; ar 65.2%), asimismo para la mortalidad infantil por espina bífida (or 7.1; ic 95% 4.51-11.12; ar 79.8%), ambos con p < 0.05 utilizando la prueba exacta de Fisher.