El presente trabajo muestra la caracterización morfológica y molecular de 10 cepas nativas de Trichoderma (TL2, TL4, TL5, TL6, TX7, TX8, TT6, TF8, TF10 y TJ6) y su relación filogenética, así como su capacidad de biocontrol contra Phytophthora infestans. Los resultados de la caracterización molecular al amplificar la región ITS1-ITS4 del ADN ribosómico nuclear y un fragmento del gen tef1α mostraron que de las 10 cepas, seis corresponden a Trichoderma asperellum (TL2, TL4, TX7, TX8, TT6 y TF8) y cuatro a T. harzianum/Hypocrea lixii (TL5, TL6, TF10 y TJ6). El análisis filogenético por máxima parsimonia demostró que existe una estrecha relación entre las cepas de estos dos grupos. Las pruebas in vitro de biocontrol entre el antagonista y el patógeno indicaron diferencias significativas (p<0.05). La cepa TX8 registró el mayor porcentaje (98 %) de inhibición, mientras que TL4 fue la de menor porcentaje (49 %). Las cuatro cepas de H. lixii (TL5, TL6, TF10 y TJ6) presentaron capacidad de inhibición media (55-66 %).