Los huertos familiares son agroecosistemas heterogéneos en estructura y manejo, en ellos se mantienen procesos de conservación in situ de la biodiversidad. La flora en los huertos es variada, su estudio contribuye a comprender las especies que coexisten y se conservan, además de entender la estructura, importancia, y funciones para las familias de las comunidades rurales. El estudio se enfocó al estrato arbóreo del agroecosistema huerto familiar (AHF) en San Nicolás, Malinalco, México, por tener especies clave en la estructura de los agroecosistemas y por su importancia social, cultural y económica. Se estudiaron 14 agroecosistemas, ubicados en la zona de transición ecológica del Estado de México. El estudio se llevó a cabo de marzo de 2011 a abril de 2012, por medio de entrevistas no estructuradas a los propietarios de los huertos. El objetivo fue realizar un análisis del estrato arbóreo sobre la diversidad, estructura, función y análisis biogeográfico. Los agroecosistemas poseen una diversidad de 36 especies, 26 géneros y 18 familias de plantas. La especie más frecuente fue Persea americana Mill. var. Hass presente en el 100 % de los agroecosistemas. De las especies encontradas, 52.7 % presentan una distribución natural en México, y las otras son introducidas. El aprovechamiento del estrato arbóreo, es con fines de autoconsumo, principalmente como fruta. La diversidad florística de las especies arbóreas es alta, lo que permite ubicar a estos agroecosistemas como importantes sitios de conservación de germoplasma in situ.