El chile manzano ( Capsicum pubescens R y P) cultivado en el centro de México presenta variabilidad genética aprovechable en programas de mejoramiento genético. El objetivo de la investigación fue evaluar dos métodos de hibridación y caracterizar morfológicamente los descendientes F 1 de las cruzas entre morfotipos de chile manzano. El experimento se desarrolló de 2012 a 2013 en invernadero con los progenitores identificados como flor blanca (FB), Flor morada-entrenudo largo (FML) y flor morada-entrenudo corto (FMC). Se hibridaron por los métodos sin corola y con corola y la F 1 se evaluó a prendimiento de fruto y caracterización morfológica. Los resultados indicaron que la protección de la flor hibridada afectó el prendimiento de fruto en más del 50%. No hubo diferencias significativas entre cruzas directas ni recíprocas (t; p = 0.42), lo que sugiere ausencia de efectos maternos. La posición del estilo tanto en progenitores como en los híbridos fue heteromórfica, con 70-90% al nivel de las anteras. Los variantes de los caracteres color del tallo, color de la corola, color del filamento y color del estilo se encontraron en el progenitor FB y fueron recesivos a los correspondientes de FML y FMC. El porte bajo de la planta y hojas de menor tamaño presentes en los progenitores FB y FMC fueron dominantes en los híbridos y afectaron negativa y significativamente en el rendimiento de frutos y heterosis. Los resultados sugieren estrategias de mejoramiento genético adicionales en híbridos como selección de segregantes y retrocruzas que mejorar el tamaño del fruto.