El queso Oaxaca tradicional goza de gran reconocimiento y consumo a nivel nacional, al ser elaborado con leche cruda de vaca es considerado como factor de riesgo para la salud, sin embargo, contiene flora natural no patógena como las bacterias lácticas (BAL), que le proporciona características extraordinarias y su reconocida tipicidad siendo importante su caracterización. Se realizó el conteo, aislamiento y caracterización fenotípica (pruebas morfológicas, bioquímicas, factores de crecimiento y fermentación) de coliformes totales, BAL, levaduras y Staphylococcus spp.en las etapas de leche, cuajada y queso. Todos los recuentos se encontraron fuera de la normativa mexicana (NOM-243-SSA1-2010); se observó diferencia (p<0,05) entre la etapa de leche y queso para coliformes totales, BAL y levaduras. Se aislaron 43 cepas de BAL, 38 de coliformes, 24 de levaduras y 16 de Staphylococcus spp. El 72,1% de las BAL correspondió al género Lactococcus y el 27,9% a Lactobacillus, se detectó la presencia de E. coli, Staphylococcus aureus y Rhodotorula spp. Los resultados muestran deficientes prácticas de higiene en la elaboración de queso Oaxaca, siendo importante la identificación de la microbiota autóctona y monitoreo en toda la cadena productiva a fin de obtener un producto artesanal inocuo y de mejor calidad.