La perspectiva científica dominante expresada en las disciplinas ha sido puesta a discusión al surgir otras propuestas metodológicas, epistémicas y teóricas en las nociones de <<complejidad>> y <<transdisciplina>> que, en los últimos años han ganado espacio en la docencia e investigación en los contextos universitario y mundial. Este trabajo muestra la base filosófica de la ciencia moderna en el pensamiento cartesiano y su paradigma del mecanismo aún vigente, para contrastar la emergencia de esas posturas que se le oponen y se identifican con las teorías de la complejidad y una práctica de investigación: la transdisciplinariedad, que podría constituirse en un conocimiento mayor emergente en nuestras universidades.