El queso botanero que se produce en el noreste del Estado de México, se caracteriza porque se elabora con leche cruda, lo que representa un riesgo en cuanto a su calidad higiénico-sanitaria. Se presenta solo o se le adiciona chile cuaresmeño fresco y epazote o chile chipotle. A estos condimentos se les han asociado propiedades bactericidas y bacteriostáticas. El objetivo de este trabajo fue determinar si los condimentos adicionados al queso botanero, influyen en los conteos de unidades formadoras de colonia (UFC) de lactobacillus, coliformes totales (COL), Staphylococcus aureus (S. aureus) y levaduras (LEV), y el pH (características fisicoquímicas) de las variedades de queso botanero analizadas. El estudio se realizó en una quesería de tipo familiar del noreste del Estado de México (método de invitación). Se realizó el conteo de Lactobacillus, COL, S. aureus y LEV, los recuentos fueron superiores a los permitidos para COL (100 UFC/g y 10,000 UFC/g), S. aureus (1,000 UFC/g y 100 UFC/g) y LEV (500 UFC/g). Los condimentos adicionados al queso artesanal modifican los conteos de UFC/g, pero no los disminuyen a valores permitidos por la normatividad.